Kantor Urusan Agama (KUA) Kecamatan Ende Selatan merupakan unit kerja terdepan Kantor Kementerian Agama yang melaksanakan sebagian tugas pemerintah dalam bidang keagamaan. Sebagai ujung tombak pelaksanaan program Kantor Kementerian Agama di bidang urusan agama Islam, KUA berhadapan langsung dengan masyarakat dalam melaksanakan pelayanan.
Sejarah keberadaan KUA di wilayah Ende diawali dengan berdirinya Kantor Urusan Agama Kecamatan Flores Tengah pada tahun 1954 yang berkedudukan di Ende. Pada masa tersebut, KUA Flores Tengah memiliki wilayah kerja yang luas dan melayani urusan keagamaan Islam di wilayah Flores Tengah, yang saat ini telah berkembang menjadi beberapa kabupaten. Seiring dengan perkembangan wilayah administrasi dan meningkatnya kebutuhan pelayanan masyarakat, dilakukan penataan dan pemekaran wilayah kerja KUA. Pada tahun 1969, wilayah Flores Tengah dimekarkan dan dibentuk beberapa KUA Kecamatan, salah satunya adalah KUA Kecamatan Ende yang secara khusus melayani wilayah Kecamatan Ende dan Kecamatan Ndona.
Perkembangan selanjutnya mendorong kembali dilakukannya pemekaran wilayah kerja KUA guna meningkatkan efektivitas dan pemerataan pelayanan. Dari KUA Kecamatan Ende kemudian dibentuk KUA Kecamatan Ende Selatan, yang pada awal berdirinya membawahi wilayah pelayanan Kecamatan Ende Selatan, Kecamatan Ende Tengah, dan Kecamatan Ende Timur. Dalam rangka penyesuaian wilayah administrasi pemerintahan kecamatan serta optimalisasi pelayanan keagamaan, dilakukan kembali penataan wilayah kerja KUA. Dengan terbentuknya KUA-KUA tersendiri di Kecamatan Ende Tengah dan Kecamatan Ende Timur, maka wilayah kerja KUA Kecamatan Ende Selatan dipersempit dan difokuskan hanya pada Kecamatan Ende Selatan hingga saat ini.
Berdasarkan buku register pencatatan, KUA Kecamatan Ende Selatan mulai beroperasi secara mandiri pada tahun 2006, dengan Kepala KUA pertama Bapak Drs. Dahlan Kasim. Saat ini, KUA Kecamatan Ende Selatan dipimpin oleh Bapak Ahmad Mohamad, S.Ag., dan merupakan salah satu dari 9 KUA Kecamatan yang berada di bawah naungan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Ende.
KUA Ende Selatan memiliki tugas pokok dalam pelayanan, pembinaan, serta pencatatan urusan keagamaan masyarakat, khususnya dalam bidang pernikahan dan keluarga. Selain melaksanakan pencatatan nikah, KUA Ende Selatan juga berperan dalam memberikan bimbingan dan penyuluhan agama, pengelolaan zakat dan wakaf, pengembangan keluarga sakinah, Kemasjidan serta pembinaan kehidupan beragama di wilayah Kecamatan Ende Selatan. Berdasarkan PMA No.24 tahun 2024 tentang organisasi dan Tata Kerja Kantor Urusan Agama , maka Tugas Pokok KUA Kecamatan Ende Selatan adalah melaksanakan layanan dan Bimbingan Masyarakat Islam di Wilayah Kecamatan Ende Selatan Kabupaten Ende yang terdiri dari 5 Kelurahan, yaitu Paupanda, Rukun Lima, Mbongawani, Tetandara, dan Tanjung . dengan luas wilayah Kecamatan adalah 19,57 Km².
Dengan mengedepankan pelayanan yang transparan, cepat, dan profesional, KUA Ende Selatan berkomitmen untuk menjadi mitra masyarakat dalam mewujudkan keluarga harmonis yang sakinah, mawaddah, dan rahmah.