Kantor Urusan Agama (KUA) Kecamatan Ende Selatan merupakan unit kerja terdepan Kementerian Agama yang melaksanakan pelayanan dan bimbingan masyarakat Islam di wilayah Kecamatan Ende Selatan, Kabupaten Ende. KUA berperan sebagai ujung tombak pelayanan urusan keagamaan Islam yang berhadapan langsung dengan masyarakat.
Keberadaan KUA di wilayah Ende berawal dari berdirinya KUA Kecamatan Flores Tengah pada tahun 1954. Seiring perkembangan wilayah administrasi dan kebutuhan pelayanan, dilakukan pemekaran hingga terbentuk KUA Kecamatan Ende Selatan. Berdasarkan buku register pencatatan, KUA Ende Selatan mulai beroperasi secara mandiri pada tahun 2006 dengan Kepala KUA pertama Drs. Dahlan Kasim. Saat ini KUA Ende Selatan dipimpin oleh Ahmad Mohamad, S.Ag., dan berada di bawah naungan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Ende.
Sesuai PMA Nomor 24 Tahun 2024, KUA Ende Selatan memiliki tugas melaksanakan layanan dan bimbingan masyarakat Islam, khususnya di bidang pernikahan dan keluarga, bimbingan keagamaan, zakat, wakaf, kemasjidan, serta pembinaan keluarga sakinah. Wilayah kerjanya meliputi 5 kelurahan, yaitu Paupanda, Rukun Lima, Mbongawani, Tetandara, dan Tanjung, dengan luas wilayah 19,57 km².
Dengan komitmen pada pelayanan yang transparan, cepat, dan profesional, KUA Ende Selatan terus berupaya menjadi mitra masyarakat dalam mewujudkan kehidupan beragama dan keluarga yang sakinah, mawaddah, dan rahmah.